水产杀菌主要是对海洋、江河、湖泊里进行杀菌，也是为了养殖过程中避免出现水产品的异常死亡或病变等。杀菌首先想到的肯定是杀菌剂的种类，分为含氯类杀菌剂；醇类杀菌剂酸；碱类杀菌剂；重金属盐类；季铵盐类杀菌剂等

含氯类杀菌剂:主要是指溶于水中能产生次氯酸的一大类消毒剂． 目前常用的含氯消毒剂主要有次氯酸钠、漂白粉、二氧化氯、氯胺一T、三氯异氰尿酸、二氯异氰尿酸钠、氯溴三聚异氰酸等。该类消毒剂主要通过在水中形成次氯酸作用于菌体蛋白质，破坏其磷酸脱氢酶或与蛋白质发生氧化反应，致使细菌死亡。次氯酸分解形成新生态氧，将菌体蛋白氧化或氯直接作用于菌体蛋白，形成氮一氯复合物，干扰细胞代谢，引起细菌死亡。含氯消毒剂易受水中有机物和酸碱度变化的影响，且对器具有腐蚀作用，对鱼体毒性也较大：氯制剂中含有的有效氯与水体作用生成各种卤化物，产生多种不易挥发的卤化有机物(如三卤甲烷等)，同时氯制剂与水中氨作用，生成氯胺．对水中病原体不但没有灭活作用，且达到一定浓度            漂白粉后．对水生生物还有毒副作用。

碱类杀菌剂:常用的有氧化钙(生石灰)、氢氧化铵溶液(氨水)等。例，氧化钙与水混合生成氢氧化钙，并释放大量热，能快速溶解细菌蛋白质膜，使其丧失活力，从而杀死池中的病原体和残留于池中的敌害生物。由于价格低廉，大量用于清塘和疾病预防。

生石灰

季铵盐类杀菌剂：常用的有新洁尔灭、洗必泰、度米芬、消毒净、百毒杀等。分子结构中的疏水基团可渗入细菌胞浆膜和蛋白质层，使细菌的通透性发生变化，导致菌体内的酶、辅酶和代谢产物外漏，妨碍细菌的呼吸及糖酵解过程，并使细菌蛋白变性，具有杀菌浓度低、毒性和刺激性小、无腐蚀和漂白作用、水溶性好、性质稳定等优点。在低浓度下抑菌，高浓度时杀灭大多数细菌繁殖体和部分病毒，但对结核杆菌、绿脓杆菌、芽孢和大部分病毒的杀灭效果较差。季铵盐类的杀菌效果易受水质硬度的影响，在酸性条件下杀菌效果较差。

水产杀菌剂的作用：

1、抑菌作用：像内服抗生素起到抑制病原生物蛋白质或核酸合成作用一样，消毒剂抑制致病菌的繁殖，控制致病菌的数量和浓度，给养殖动物体质的恢复提供空间和时间，从而提高机体的抗病力。

2、改变水体的氧化还原电位：如发病的池塘氨等有害物质含量较高，水体的还原性物质积累过多，施用氧化剂如含碘消毒剂后，则能提高水体的氧化还原电位，降低氨、亚硝酸等含量，改善水质，为养殖动物提供良好的栖息环境。

3、絮凝作用：如季胺盐类、含钙的化合物等具有阳电荷，能絮凝部分有机碎屑、泥土颗粒等，有利于提高水体透明度，促进藻类繁殖，进一步改善养殖环境。

4、增氧作用：如季胺盐类化合物能降低水体表面张力，增大氧气的溶解度．从而增加水体溶氧另外部分氧化性药物与还原性物质反应又减少了耗氧，相对起到增氧作用。

   杀菌剂的效果有利有弊，任何杀菌剂对水质都有影响，所有不能盲目加大“杀菌剂”的用量．避免加大对环境的危害。